Lee, Li Pin
(2016)
Mapping Of Transcriptional Start Site And The Identification Of Novel sRNA In Mycobacterium Tuberculosis H37Rv.
PhD thesis, Universiti Sains Malaysia.
Abstract
Penyesuaian Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terhadap pelbagai perubahan
persekitaran dalam sistem imun membolehkan bakteria tersebut untuk hidup
berterusan dalam individu yang dijangkiti selama beberapa dekad. Pelbagai aspek
dalam pengawalan ekspresi gen terhadap perubahan tekanan persekitaran telah dikaji
secara meluas dalam Mtb. Namun, tidak banyak perhatian yang diberi terhadap
fungsi pengawalan ekspresi gen oleh titik awal transkripsi (TSSs) dan RNA kecil
(sRNAs) dalam Mtb, terutamanya dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran.
Ini menginspirasikan usaha dalam pengenalpastian TSSs dan sRNAs yang terlibat
dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran. Untuk mengenal pasti TSSs dalam
Mtb, perpustakaan cDNA yang diperkaya dengan transkrip utama telah dibina untuk
RNA sequencing, dan TSSpredator telah diguna untuk menganalisis TSSs bagi Mtb
dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran. Sebanyak 8,173 TSSs telah dikenal
pasti dalam enam keadaan. Kebanyakan TSSs (3,904) terletak dalam gen (TSS
dalaman) dan 1,932 TSSs primer yang terletak dalam lingkungan 300 nt daripada titik
permulaan translasi. 2,861 TSSs merupakan permulaan bagi sRNAs antisense yang
berpotensi (TSS antisense). Selain itu, 215 TSSs yang terletak dalam kawasan
intergen merupakan permulaan yang berpotensi bagi sRNA berkod trans.
The adaptability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) to various
environmental changes presented by host immune systems enables its persistence
within infected hosts for decades. Various aspects of gene expression regulation in
response to environmental stress have been extensively analyzed in Mtb. However,
the roles of transcriptional start sites (TSSs) and the small regulatory RNAs (sRNAs)
in regulating gene expression within Mtb are given very little attention, particularly
under stress condition. This ignites the effort to map TSSs and identify sRNAs
involved in different stress environments. In order to map the TSSs in Mtb, cDNA
libraries that specifically enriched with primary transcripts were constructed for RNA
sequencing, and TSSpredator was integrated for the analysis of TSSs in Mtb
monitored in different stress environments. Here, a total of 8,173 TSSs were mapped
in six conditions. The majority of TSSs (3,904) were detected within annotated genes
(internal TSS), and 1,932 primary TSSs reside within 300 nt upstream of translation
start site. 2,861 TSSs correspond to potential antisense sRNAs (antisense TSS).
Finally, 215 novel TSSs are located within intergenic regions and represent
potentially novel trans-encoded sRNAs.
Actions (login required)
 |
View Item |
![[img]](http://eprints.usm.my/style/images/fileicons/application_pdf.png)
